ZaloPay cho phép khách hàng sử dụng biện pháp xác thực bằng sinh trắc học trên thiết bị di động hỗ trợ tích hợp công nghệ cảm biến vân tay/ nhận dạng khuôn mặt. 
 
Mỗi một tài khoản ZaloPay chỉ hoạt động trên một thiết bị duy nhất tại một thời điểm, vì vậy chỉ có người dùng là chủ thiết bị mới có thể sử dụng cơ chế xác thực bằng sinh trắc học (nếu thiết bị di động có hỗ trợ công nghệ này).